A l'intérieur du budget du C.E.A., l'agence dispose d'un budget propre équilibré couvrant l'ensemble de ses dépenses et de ses recettes. Ce budget comprend, notamment, en recettes :

- des ressources propres correspondant à la rémunération des services rendus ;

- des apports des producteurs de déchets, notamment au titre du financement des investissements ;

- des dons ou subventions d'organismes publics ou privés qui pourraient être consentis à l'agence pour l'exécution de ses missions.

Les éventuelles subventions de l'Etat qui pourraient être consenties à l'agence seraient inscrites à une ligne spéciale du budget du ministère de l'industrie.

Le projet de budget annuel de l'agence sera soumis au comité de l'énergie atomique, dans les mêmes conditions que le budget général du C.E.A..