La mission est placée sous l'autorité d'un directoire nommé par arrêté du Premier ministre et comprenant les directeurs d'administration centrale concernés, le président de la commission nationale des opérations immobilières et de l'architecture, le secrétaire général de la commission centrale des marchés et des personnalités qualifiées.

Elle est présidée par une personnalité désignée par décret.

Un secrétaire général est désigné par arrêté du ministre chargé de l'architecture après avis du président de la mission. Il participe aux réunions du directoire.