Le comité interdépartemental est présidé par le préfet de la région d'Ile-de-France et du département de Paris, ou son représentant.

Un fonctionnaire du service de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles de la direction régionale de l'agriculture et de la forêt d'Ile-de-France en assure le secrétariat.

Les moyens nécessaires au fonctionnement du comité interdépartemental et mis à la disposition du service de l'inspection du travail, de l'emploi et de la politique sociale agricoles d'Ile-de-France sont pris en charge par la caisse de mutualité sociale agricole d'Ile-de-France, suivant un budget fixé chaque année par le comité.