Un compte de résultats du fonds retraçant les dépenses et les recettes relatives aux actions à caractère national et régional est établi à l'issue de chaque exercice comptable. Les résultats bénéficiaires de l'exercice sont affectés au fonds. Cette situation comptable est retracée dans une ligne spécifique du bilan annuel de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés.