Le fonds est géré par un comité directeur composé d'un représentant au plus de chaque établissement de crédit maritime mutuel.

Le comité directeur est investi des pouvoirs les plus étendus pour agir en toutes circonstances au nom du fonds.

Il prend les décisions relatives aux ressources de chacune des sections, à l'octroi de garanties ou d'avances et aux versements de fonds.

Le commissaire du Gouvernement près la Banque fédérale des banques populaires, le représentant du ministre chargé des pêches maritimes et le directeur général de la Banque fédérale des banques populaires ou son représentant assistent aux réunions du comité directeur.