La commission paritaire nationale ne peut valablement délibérer que si au moins deux tiers de ses membres, dont le président ou son suppléant, sont présents.

Les délibérations ne sont pas publiques et les votes sont émis à bulletin secret. La décision est émise au premier tour de scrutin à la majorité absolue, au deuxième tour à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix lors de ce deuxième tour, la décision est favorable à l'intéressé.