Les ATS sont placées sous les ordres d'un officier appartenant au corps militaire des médecins des armées. Cet officier, qui porte le titre de chef de service de l'ATS, a une double subordination ; il relève de l'autorité hiérarchique du médecin-chef de l'hôpital des armées sur le plan organique et de celle du directeur du CTSA sur le plan technique.

L'effectif en personnel dont doit disposer les ATS doit être suffisant pour permettre un fonctionnement satisfaisant, conforme aux conditions techniques, sanitaires et médicales mentionnées aux articles 2 et 4 du présent arrêté.

Mis en place par le médecin-chef de l'hôpital des armées dans lequel est implantée l'ATS, le personnel de celle-ci peut, avec l'accord du directeur du CTSA, contribuer au fonctionnement d'autres services hospitaliers ; il peut notamment participer aux activités du service de biologie médicale.

Les crédits de fonctionnement des ATS font l'objet d'un budget annexe des hôpitaux des armées où elles sont implantées.