Le conseil de gestion du fonds d'assurance formation des médecins exerçant à titre libéral comprend dix-huit sièges répartis à raison de neuf sièges pour les organisations syndicales représentatives des médecins généralistes et neuf sièges pour les organisations syndicales représentatives des médecins spécialistes.

Au sein de chacune de ces catégories, un siège est attribué à chaque organisation syndicale représentative, les sièges restants étant répartis entre ces organisations proportionnellement aux résultats, consolidés au niveau national, des dernières élections aux unions des médecins exerçant à titre libéral, les restes étant répartis à la plus forte moyenne.