Le ministre chargé de la santé fixe pour trois ans, par arrêté, la liste des centres nationaux de référence. Au terme de la période de trois ans, l'activité de chaque centre de référence est soumise à une évaluation par la direction générale de la santé qui porte notamment sur le respect du programme de travail et la pertinence de l'action au regard de la situation épidémiologique.