Les centres nationaux de référence exercent leurs missions dans le cadre de conventions passées avec le ministère chargé de la santé et établies en fonction :

- d'un programme de travail triennal élaboré en référence au cahier des charges défini en annexe du présent arrêté ;

- du descriptif des moyens de la structure : qualification des personnels et nature du plateau technique ;

- des bilans d'activité de l'organisme au cours des trois années antérieures, dont la liste des publications.

Le responsable d'un centre national de référence est tenu d'adresser chaque année un rapport d'activités au ministère chargé de la santé.