Le contenu des examens de santé est modulé en fonction de l'âge, du sexe et des facteurs de risque conformément à un document de référence établi par la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés et soumis à l'avis du Haut Comité médical de la sécurité sociale et à celui du Haut Comité de la santé publique. Ce document de référence comporte également des actions de dépistage et des actions d'éducation pour la santé ayant fait la preuve de leur intérêt en santé publique.

Afin d'encourager la prise en charge optimale des affections dépistées, les centres d'examens de santé organisent une activité de suite destinée à orienter en cas de nécessité le patient, à donner toutes les informations médicales utiles au médecin traitant désigné par ce dernier et à exploiter les retours d'information.