Chaque centre de coordination est tenu de fournir au comité technique national des infections nosocomiales et à la direction régionale des affaires sanitaires et sociales de la région dans laquelle il est implanté un rapport annuel sur son fonctionnement et ses activités, relatant tout enseignement d'ordre scientifique ou technique utile à la santé publique.

Chaque centre de coordination adopte un règlement intérieur qui fixe son organisation, son fonctionnement ainsi que les modalités de la participation à ses activités, de spécialistes des infections nosocomiales. Ce règlement est soumis à l'approbation du directeur régional des affaires sanitaires et sociales de la région dans laquelle est implanté le centre de coordination.