Dans chaque institut, un médecin enseignant dans celui-ci est agréé en qualité de conseiller scientifique par le préfet de région, sur proposition du directeur, après avis du conseil technique et de la commission des ergothérapeutes du Conseil supérieur des professions paramédicales. A ce titre, il participe, au sein de l'équipe pédagogique, à l'élaboration du projet pédagogique et garantit la qualité des enseignements médicaux. Il est membre de droit du conseil technique.

A titre transitoire, les agréments en qualité de directeur délivrés à des médecins sont prorogés jusqu'à la date de cessation de leurs fonctions. Jusqu'à cette date, les intéressés assurent également de droit la fonction de conseiller scientifique. A la même date les ergothérapeutes qui exercent les fonctions de directeur technique sont agréés de droit en qualité de directeur.