Les commissions de spécialité et d'établissement sont créées, leur composition et leur dénomination sont fixées par le directeur de l'unité de formation et de recherche, sur proposition du conseil de l'unité de formation et de recherche siégeant en formation restreinte aux enseignants et après avis de la commission médicale consultative siégeant en formation restreinte aux personnels hospitalo-universitaires. Elles comprennent des représentants de chaque discipline concernée.

Lorsqu'il y a lieu de créer des commissions communes à plusieurs unités de formation et de recherche au sein d'une même université, la décision est prise par le président de l'université sur proposition des conseils des unités de formation et de recherche siégeant en formation restreinte aux enseignants, après avis de la ou des commissions médicales consultatives siégeant en formation restreinte aux personnels hospitalo-universitaires.

Un arrêté conjoint des ministres respectivement chargés des universités et de la santé précise les conditions de fonctionnement des commissions de spécialité et d'établissement.