Pour le calcul des différentes primes ou indemnités fixées en pourcentage du traitement indiciaire, à l'exception des primes de service et des primes ou indemnités prises en compte pour le calcul de la pension, le montant de la nouvelle bonification indiciaire s'ajoute au traitement indiciaire de l'agent.

Les agents placés, le cas échéant, en cessation progressive d'activité sur des emplois ouvrant droit à une nouvelle bonification indiciaire bénéficient de la prise en compte du montant de cette nouvelle bonification indiciaire pour le calcul de l'indemnité exceptionnelle s'ajoutant au traitement. Le montant de la nouvelle bonification indiciaire s'ajoute également, le cas échéant, au traitement pour le calcul des majorations de traitement ou indemnités résidentielles accordées aux agents en service dans les départements et territoires d'outre-mer.