La qualité et les résultats du fonctionnement des appartements de coordination thérapeutique sont évalués chaque année par les différents financeurs dans le cadre d'un comité de pilotage départemental.

A cet effet, l'association transmet au préfet du département un rapport annuel d'activité faisant apparaître les résultats de ses actions, leurs coûts ainsi que les modalités de réalisation, avant le 15 octobre de chaque année.

Les pouvoirs publics et les organismes payeurs se prononcent sur la poursuite éventuelle de l'expérimentation et le maintien de leur participation financière au vue des résultats de l'évaluation annuelle démontrant l'utilité sociale et médicale de l'opération.