L'Etat indemnise les propriétaires des animaux euthanasiés et détruits conformément aux prescriptions de l'article 2, sous réserve du respect de l'ensemble des mesures réglementaires en vigueur. Le montant de l'indemnisation est fixé en application des dispositions de l'arrêté du 18 mars 1993 susvisé, et notamment les articles 4 et 5. En ce qui concerne les animaux de l'espèce ovine, l'indemnisation est plafonnée à 76,22 euros et elle pourra être déterminée par le directeur des services vétérinaires après examen de justificatifs comptables présentés par le propriétaire des animaux.

L'Etat indemnise les propriétaires des carcasses d'ovins originaires du Royaume-Uni et introduites en France entre le 1er et le 21 février 2001, ainsi que les propriétaires des carcasses d'ovins issues d'animaux originaires du Royaume-Uni introduits après le 31 janvier 2001 et abattus en France, sous réserve du respect de l'ensemble des mesures réglementaires en vigueur. Le montant de l'indemnisation est fixé forfaitairement à 45,73 euros par carcasse. Cette indemnisation se fera sur présentation des justificatifs comptables relatifs à l'achat des animaux ou des carcasses, à l'abattage éventuel, à leur enlèvement et à leur destruction.