A l'issue de la visite et à réception des résultats des analyses pratiquées sur les prélèvements décrits ci-dessus, le directeur des services vétérinaires statue sur l'acceptation de l'établissement, ou sur son refus, et en informe rapidement le demandeur.

En cas de refus, le motif en est précisé à ce dernier afin qu'il puisse prendre les dispositions nécessaires, susceptibles ultérieurement de faire admettre son établissement au contrôle officiel hygiénique et sanitaire et établir, si besoin est, un échéancier des dispositions à prendre en accord avec le directeur des services vétérinaires.

En cas d'acceptation, une convention est signée par le contractant, le docteur vétérinaire désigné dans la convention et le représentant de l'Etat. Toute modification de cette convention fait l'objet d'un avenant.