Les poulains nés de juments infectées sont soumis avant l'âge de trois mois à une épreuve de diagnostic de la M.C.E. comprenant :

- pour les mâles, deux prélèvements à deux jours d'intervalle au niveau de la fosse urétrale ;

- pour les femelles, deux prélèvements à deux jours d'intervalle au niveau des sinus clitoridiens.