Les laboratoires agréés et les laboratoires candidats à l'agrément sont soumis au contrôle de l'administration qui peut à tout moment vérifier, notamment, l'adéquation de leurs installations et méthodes aux exigences des analyses, la qualification de leurs personnels, les résultats analytiques et le respect des conditions de l'agrément.

Les laboratoires sont tenus de participer aux chaînes d'analyses d'intercomparaison sur les produits concernés par l'agrément lorsqu'elles sont régulièrement organisées.

En outre, en cas de besoin spécifique, l'administration peut exiger la participation des laboratoires agréés à des chaînes complémentaires réalisées par un organisme de son choix.