Le contrôle économique et financier du comité local est assuré par la mission de contrôle économique et financier auprès des organismes d'intervention de l'agriculture et de la pêche.

Le chef de la mission de contrôle, ou son délégué, peut assister aux réunions du conseil du comité ainsi qu'à toutes les commissions spécialisées créées par eux. A cet effet, il reçoit copie des ordres du jour et des procès-verbaux ou comptes rendus de réunions, émis par le comité ou ses commissions spécialisées en même temps que leurs membres.

Les projets d'état de prévisions de recettes et de dépenses ainsi que le projet de compte financier doivent lui être communiqués vingt jours au moins avant leur présentation du conseil du comité.