Lorsque des éléments d'information permettent de présumer une infraction, des contrôles en cours de transport peuvent être organisés.

De même les contrôles à destination peuvent être intensifiés lors du constat de manquements répétés à la réglementation communautaire de la part d'un opérateur. L'intensification de ces contrôles peut aussi porter sur les animaux, semences et embryons en provenance d'une exploitation, d'un centre ou organisme, d'un centre de rassemblement agréé, ou d'une région d'origine.