Le régime du transit national s'applique au transport sous douane de marchandises non exclues à titre permanent ou temporaire de ce régime, entre deux bureaux de douane ou lieux désignés par le service des douanes situés sur le territoire douanier, avec, éventuellement, emprunt du territoire étranger. Ce transport peut être effectué par une ou plusieurs voies y compris la voie maritime en utilisant plusieurs moyens de transport successifs.

Le régime du transit national s'applique aux marchandises circulant entre les différentes parties du territoire douanier.