Tout changement qui affecte le statut de l'exploitant, les installations de l'entrepôt fiscal ainsi que les conditions d'exploitation de cet entrepôt est soumis à autorisation de l'administration des douanes et droits indirects s'il entraîne une modification d'un élément constitutif de l'entrepôt.

Cette autorisation prend la forme d'une décision modificative de l'autorisation initiale d'exploiter.