Les décisions sont arrêtées par le ministre chargé de l'agriculture. Toutefois, la décision est prise conjointement par le ministre chargé de l'agriculture, le ministre chargé de l'économie et des finances et le ministre chargé du budget si l'un des représentants de ces ministres au conseil spécialisé le demande.

Lorsqu'un projet ayant fait l'objet d'un avis défavorable du conseil spécialisé n'a pas donné lieu à une décision dans un délai de quinze jours, il en est rendu compte à la plus prochaine séance de ce conseil.