La commission peut être chargée du suivi des contrôles de second niveau destinés à examiner les procédures de contrôle des dépenses relevant des fonds communautaires agricoles de garantie mises en oeuvre par les services qui en ont la charge. Ces contrôles sont alors réalisés par les corps d'inspection du ministère chargé de l'économie et du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche.