La commission coordonne les dispositifs de contrôle.

A ce titre :

Elle définit la politique générale et les orientations des contrôles et se prononce sur leur organisation d'ensemble, leur méthodologie et leur intensité, dans le respect des compétences des administrations et organismes concernés ;

Elle suit l'établissement et l'exécution des programmes de vérification ;

Elle est informée des résultats des contrôles, des irrégularités relevées et des sanctions appliquées par les autorités compétentes ;

Elle s'assure de la cohérence des suites données aux contrôles par les autorités compétentes et vérifie leur exécution. Elle veille tout particulièrement au recouvrement des sommes indûment versées et des prélèvements indûment éludés au titre des fonds communautaires agricoles de garantie.

Dans le cas où les dispositions communautaires prévoient une instance nationale de coordination des contrôles, ce rôle peut être exercé par la commission. A ce titre, elle constitue notamment le service spécifique visé à l'article 11 du règlement (CEE) n° 4045/89 susvisé et l'instance de contact définie à l'article 3 du règlement (CEE) n° 2729/2000 susvisé.

La commission est également chargée de la centralisation et de la transmission des communications effectuées en application du règlement (CE) n° 1848/2006 susvisé.