La commission élabore son règlement intérieur selon le règlement type établi par le ministère chargé de la fonction publique. Ce règlement est soumis à l'approbation du directeur du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres.

Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui n'est pas nécessairement membre de la commission.

Chaque commission désigne en son sein un représentant du personnel pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, puis transmis dans un délai de un mois aux membres de la commission.