Un des médecins du centre autre que le médecin-chef, est chargé d'assurer par un système interne de contrôle de qualité, dans le respect du secret professionnel, que l'organisation et les procédures en vigueur sont conformes aux dispositions du présent arrêté.

Ce système doit notamment prévoir l'analyse des données traitées de façon à mettre en évidence toute anomalie de fonctionnement, cette analyse fait l'objet d'un document approprié qui est communicable, sur leur demande, au ministre chargé de l'aviation civile et au président du conseil médical de l'aéronautique civile par l'intermédiaire du directeur central du service de santé des armées.