Le directeur de l'école est nommé par le directeur général du SHOM.

Le directeur de l'école est assisté par un directeur de l'enseignement dont les attributions sont définies par décision du directeur général du SHOM, sur proposition du directeur de l'école.

Peuvent être nommés directeur de l'enseignement les ingénieurs qui justifient d'une qualification d'ingénieur reconnue par l'organisation hydrographique internationale.

Après avis du conseil de perfectionnement, le directeur de l'école élabore et met en oeuvre la pédagogie de l'école.