Le conseil scientifique comprend, outre son président, les membres suivants :

- un conservateur du patrimoine (spécialité Musées) ;

- un représentant du personnel scientifique du musée de la musique élu par ses pairs ;

- trois interprètes, dont deux au moins enseignants des conservatoires nationaux supérieurs de musique et de danse ;

- deux facteurs d'instruments ou organologues ;

- un musicologue ;

- deux personnalités choisies en raison de leur compétence scientifique et musicale ;

- un membre de l'inspection générale des musées de France ;

- un inspecteur général de la création et des enseignements artistiques (spécialité Musique).