Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président, au moins deux fois par an, pour faire le point sur les orientations de la politique scientifique et culturelle du musée de la musique et pour examiner les modalités de prêt et de dépôt des oeuvres inscrites à l'inventaire du musée.

Ses avis sont adoptés à la majorité des membres présents. En cas de partage des voix, la voix du président est prépondérante.