La commission dispose d'un secrétariat général permanent animé par un secrétaire général.

Le secrétaire général est nommé par arrêté du ministre chargé de la coopération pour une durée de trois ans renouvelable. Il est placé sous l'autorité du président de la commission. Il rend compte de son activité au bureau. Il organise les réunions du bureau, auxquelles il participe, et assure la coordination et le secrétariat des activités de la commission.