Le comité se réunit au moins une fois par an. Il conduit ses travaux sur la base des études, des contributions et propositions présentées par les directeurs compétents. Le cas échéant, le comité peut demander que soient conduites des expertises ou évaluations complémentaires. Il assure les synthèses de ses travaux sous forme de rapports préparés par le secrétariat général du comité et adressés au ministre par son président.

Ces rapports sont préparés lors de séances de débats. Ces réunions sont l'occasion d'associer les directeurs assistés de collaborateurs en charge du dossier, et si nécessaire des responsables territoriaux et des experts nationaux. Ces séances de débats font l'objet de comptes rendus synthétiques établis et diffusés par le secrétaire général.

Le contenu définitif des rapports est arrêté au cours de séances associant exclusivement les personnalités fixées à l'article 3. Ces rapports précisent :

La nature des conclusions communes auxquelles permettent d'aboutir les travaux du comité et, le cas échéant, les positions spécifiques de certaines directions ;

La nature, la forme et l'échéance des choix engageant l'Etat et pouvant concrétiser les rapports du comité.