En fin d'exercice, les fichiers de gestion courante sont complètement apurés de la désignation et du montant des dépenses effectuées.

Le fichier d'identification des bénéficiaires est apuré, à l'initiative du service ordonnateur, des créanciers n'étant plus susceptibles de recevoir un paiement. En outre, le système informatique génère à l'intention de l'ordonnateur des propositions d'apurement concernant des créanciers n'ayant pas fait l'objet de mandatements depuis deux ans.

L'émission des moyens de paiement s'effectue au moyen de supports magnétiques transmis à la Banque de France pour acheminement vers les organismes financiers gestionnaires des comptes concernés.