Le conseil se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président. Des réunions exceptionnelles peuvent en outre être tenues à la demande du ministre.

Le conseil établit un programme annuel de travail qui est transmis au ministre. Celui-ci peut saisir le conseil de toute demande d'étude qui lui paraît opportune.

L'ordre du jour est arrêté par le président, sur proposition du haut fonctionnaire chargé du secrétariat permanent. Dans le cas de réunions exceptionnelles, il est fixé par le ministre.

Le secrétariat permanent est administrativement rattaché au service de l'inspection générale des finances. Il dispose d'une équipe de collaborateurs. Il soumet la désignation des rapporteurs à l'agrément du conseil. Il assure la rédaction des comptes rendus de séance.

Les travaux de recherche engagés par le conseil peuvent être confiés soit à un ou plusieurs de ses membres, soit à des organismes ou experts extérieurs, sur la base de conventions.

Le conseil dispose de crédits d'études, dont le montant est fixé annuellement par le ministre. La gestion de ces crédits est assurée par le service de l'inspection générale des finances.

Les travaux menés par le conseil ou à son initiative font l'objet de rapports qui sont transmis au ministre. Ces rapports sont publics, sauf décision contraire du ministre notifiée préalablement au lancement de l'étude.