Le comité des travaux historiques et scientifiques est géré par un organisme d'étude et de recherche dans le cadre d'une convention passée entre cet organisme et le ministère de l'éducation nationale. Cette convention, visée par le directeur chargé de la recherche et le directeur chargé des bibliothèques au ministère de l'éducation nationale, précise les modalités financières et comptables de gestion du comité.