Les services du Centre national de documentation pédagogique sont organisés comme suit :

1. Trois directions correspondant aux missions de l'établissement :

- la direction de la documentation ;

- la direction de l'édition ;

- la direction de l'ingénierie éducative.

2. Un secrétariat général regroupant l'ensemble des services logistiques de l'établissement, notamment la délégation à la distribution et le service de l'informatique.

3. L'agence comptable.