Le secrétaire général est assisté d'un coordinateur national et d'un secrétariat appelé secrétariat français d'Eurêka.

Le coordinateur national est nommé par arrêté des ministres chargés de la recherche et de l'industrie, sur proposition du secrétaire général, pour une durée de quatre ans renouvelable.

Il a la responsabilité particulière de l'animation, de l'émergence et du suivi des projets Eurêka aux plans national et européen. Il anime l'équipe du secrétariat français d'Eurêka.

Le secrétariat français d'Eurêka, dont l'organisation est arrêtée par le secrétaire général, peut accueillir des personnels mis à disposition par les départements ministériels et les établissements publics.