Sous les réserves résultant de la nature de leurs fonctions et sans qu'il puisse être notamment porté atteinte à l'indépendance des présidents et des juges d'instruction, les magistrats détachés sont soumis aux obligations de la discipline générale des armées.

En dehors de toute action disciplinaire, le ministre chargé de la défense peut leur adresser, sous les mêmes réserves, un avertissement sans inscription au dossier.