Le personnel de direction est placé sous l'autorité du directeur général. Il comprend les fonctionnaires occupant les emplois suivants :

- directeur général adjoint ;

- inspecteur général ;

- sous-directeur.

Le directeur général de l'Office national interprofessionnel des grandes cultures gère le personnel de direction. Il en prononce la mise à la retraite sauf mesure disciplinaire. Le directeur général de l'Agence unique de paiement est consulté sur les décisions relatives aux personnels affectés dans son établissement.