Le comité procède à une enquête à l'occasion de chaque accident de service ou de chaque maladie professionnelle ou à caractère professionnel au sens des 3° et 4° de l'article 6 du décret du 28 mai 1982 susvisé. Il agit de même à la suite de tout accident ou de toute maladie mettant en cause l'hygiène ou la sécurité de l'établissement ou ayant pu entraîner des conséquences graves.

Chaque enquête est conduite par deux membres du comité, l'un représentant l'administration, l'autre représentant le personnel. Ils peuvent être assistés par d'autres membres du comité ou de la section concernée, s'il en existe, et notamment par le médecin de prévention ainsi que par tout expert désigné par le comité.

Le comité est informé des conclusions de chaque enquête et des suites qui leur sont données.