Le comité médical spécial est compétent à l'égard des agents titulaires ou non titulaires recrutés par le ministre chargé de la coopération, en application des décrets du 25 avril 1978 précités.

Il est chargé de donner un avis médical sur l'aptitude à servir en coopération et, le cas échéant, sur la compatibilité des maladies ou infirmités constatées avec les fonctions exercées ou postulées, lorsque les conclusions du ou des médecins agréés sont contestées soit par l'intéressé, soit par le ministre chargé de la coopération.

Il est, en outre, obligatoirement consulté avant la reprise de fonctions, dans son poste en coopération, d'un agent qui a fait l'objet d'un rapatriement sanitaire.

Enfin, le ministre chargé de la coopération peut solliciter l'avis du comité médical spécial sur le dossier médical d'un agent chaque fois qu'il l'estime utile.