Le président décide de l'organisation des travaux. Il arrête les modalités pratiques de déroulement des séances dont les principes sont discutés, en séance, en début de mandat.

Lorsqu'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Le président peut décider, à la demande d'un membre du conseil, que le vote a lieu à bulletins secrets. Le vote est acquis à la majorité simple des suffrages exprimés.

Chaque membre du conseil ayant voix délibérative dispose d'une voix.

Lorsqu'un membre est directement intéressé à titre professionnel ou personnel par la question sur laquelle se prononce le conseil scientifique de département, le président l'invite à se retirer des débats et des votes relatifs à cette question.

En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.