Le programme des enseignements du cycle spécialisé est arrêté chaque année par le directeur de la comptabilité publique sur proposition du directeur de l'école et comporte, notamment, les matières suivantes :

- règles de la comptabilité publique ;

- réglementation des différentes branches d'activité des services déconcentrés du Trésor ;

- techniques de la comptabilité privée ;

- disciplines financières (budget, fiscalité, Trésor) ;

- disciplines juridiques (droit public, droit communautaire, droit privé). Ces enseignements peuvent avoir un caractère facultatif ;

- disciplines économiques (économie politique, économie régionale, statistiques, comptabilité économique nationale, calcul économique). Ces enseignements peuvent avoir un caractère facultatif ;

- techniques de gestion (informatique, organisation et méthodes de travail, communication externe et interne, gestion des ressources humaines).