A l'issue de chaque période de congé de longue maladie ou de longue durée, le traitement ou la fraction de traitement perçu pendant ces congés ne peut être payé au fonctionnaire qui ne reprend pas son service qu'autant que celui-ci a demandé et obtenu le renouvellement de ce congé.

Dans le cas du congé de longue maladie, s'ajoutent à ce traitement ou à cette fraction de traitement les primes et indemnités maintenues selon les modalités prévues à l'article 2-1 du décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés.

Dans le cas du congé de longue durée, s'ajoutent à ce traitement ou cette fraction de traitement les avantages familiaux et la totalité ou la moitié des indemnités accessoires, à l'exclusion de celles qui sont attachées à l'exercice des fonctions ou qui ont le caractère de remboursement de frais.

Ceux des fonctionnaires qui percevaient une indemnité de résidence au moment où ils sont placés en congé en conservent le bénéfice dans son intégralité, s'il est établi qu'eux-mêmes, leur conjoint ou leurs enfants à charge continuent à résider dans la localité où ils habitaient avant leur mise en congé de longue maladie ou de longue durée.

Dans le cas où les intéressés ne réuniraient pas les conditions exigées pour bénéficier de la disposition précédente, ils peuvent néanmoins percevoir une indemnité de résidence. Celle-ci, qui ne peut en aucun cas être supérieure à celle que les agents percevaient lorsqu'ils étaient en fonctions, est la plus avantageuse des indemnités afférentes aux localités où eux-mêmes, leur conjoint ou les enfants à leur charge résident habituellement, depuis la date de la mise en congé.

Quand le bénéficiaire du congé de longue maladie ou de longue durée bénéficiait d'un logement dans les immeubles de l'administration, il doit quitter les lieux dans les délais fixés par l'administration, si sa présence fait courir des dangers au public ou à d'autres agents de l'Etat ou offre des inconvénients pour la marche du service notamment en cas de remplacement.