Un commissaire du Gouvernement, désigné, par le ministre de l'industrie et, du commerce, représente ce dernier auprès du centre. Il assiste aux séances du conseil d'administration sans toutefois prendre part aux votes. Il a un droit de veto à l'égard des décisions du conseil. Ce droit de veto est suspensif jusqu'à décision du ministre de l'industrie et du commerce, prise après consultation du conseil d'administration.
Cette décision devra intervenir dans un délai d'un mois après réception de l'avis du conseil d'administration.
Ordonnance 2004-545 du 11 juin 2004 art. 7 : l'article 5 de la loi 48-1228 est abrogé sauf :
-au 1er alinéa, les mots " désigné par le ministre de l'industrie et du commerce " ;
-le deuxième alinéa ;
qui ne sont abrogés qu'à compter de la publication des dispositions réglementaires du code de la recherche.