Le directeur de l'institut est nommé par l'administrateur général après avis du conseil d'administration du Conservatoire national des arts et métiers et du comité scientifique de l'institut. Un directeur adjoint et un secrétaire général peuvent être nommés par l'administrateur général, sur proposition du directeur de l'institut.

Le personnel de l'institut est composé de personnels du Conservatoire national des arts et métiers affectés à l'institut aérotechnique par l'administrateur général après avis du directeur de l'institut, ainsi que de personnels d'autres organismes mis à disposition de l'institut.