La commission consultative paritaire est présidée par le directeur général de l'Ecole polytechnique.

Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint.

La commission élabore son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du ministre de la défense.