Les ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'industrie et du commerce peuvent charger la commission d'une mission particulière d'évaluation d'une formation. A l'issue de cette mission, la commission remet un rapport aux ministres.

Le cas échéant, le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut engager une procédure de retrait de la reconnaissance par l'Etat comme de l'autorisation de délivrer des diplômes.